私はかれこれ10年以上使っているauのガラケー(メイン回線)と、今年に入ってから新規契約したauのiPhone4S(サブ回線)の2台持ちです。
LINEを使ってみたくてインストールしたのですが、電話番号をキーにユーザー登録するので普通に設定するとiPhone4Sのサブ回線の電話番号で登録されてしまいます。しかしiPhone4Sはネット専用に使っているので電話番号は誰にも教えていません。

そこで、なんとかメイン回線の電話番号で登録できないものかと考えていました…

で、結論としてはできました。

LINEは電話番号をキーにユーザー登録するので、初期設定の時に電話番号の確認のため発信者番号通知でセンターに電話をかけさせられます。この時の発信者番号がメイン回線の番号になっていればいいので、一時的にメイン回線のSIMをiPhone4Sに刺し替えて初期設定すれば良いみたいです。

これはauのiPhone4Sはキャリア内ロックが掛かっていないためできる技ですね。
キャリア内ロックは盗難悪用防止のために同じauの機種でも登録したSIMでしか使えないようにする携帯電話本体の機能です。白ロムを購入してauショップでロッククリアしてもらう必要があるのはこのためです。
au ICカード – Wikipedia
ここの記載によればiPhone4Sを含む幾つかのスマートフォンはこのキャリア内ロックが無いみたいなので、これらのスマートフォンを2台持ちのサブ回線で使ってる人は同じ方法が使えますね。

試してないのでわかりませんが、同じやり方を繰り返すことで複数のスマートフォンのLINEに同じ電話番号で登録することができるかもしれません。

私の環境ですが、メイン回線はW63T Sportio(オレンジSIM)で、サブ回線はiPhone4S(縞々microSIM)です。オレンジSIMを市販のSIMカッターでmicroSIMサイズにカットしてiPhone4Sに差し込み起動することで、通話も通信も普通にできました。この状態でLINEを初期設定したというわけです。(ちなみにiPhone4Sの縞々SIMをW63Tに差し込んだ場合はキャリアすら掴まず圏外のままでした)

【余談】
未確認ですがこの方法は多分ソフトバンクではできません。
ソフトバンクのiPhoneはキャリア内ロックがかかっているらしいのでSIMを差し替えても通話も通信も出来る状態にはならないはずです。もしかしたらiPhoneを一度メイン回線のSIMにロッククリアして、LINEを設定後、もう一度元のSIMにロッククリアして戻せばできるかもしれませんが、それなりに費用もかかるでしょうから、そこまでしてメイン回線の電話番号でLINEを使いたいか?ってことを考えたほうがいいかもしれませんね(笑)